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Unser Immunsystem kann normaler Weise zwischen körpereigenen und nicht körpereigenen Stoffen unterscheiden. Auf diese Weise bekämpft es gezielt Krankheitserreger wie Viren und Bakterien, in dem es deren Zelloberflächenstoffe (Antigene) erkennt und dagegen spezifische Antikörper produziert. Bei einem ersten Kontakt wird das Immunsystem für den Erreger sensibilisiert, d.h. in erhöhte Alarmbereitschaft versetzt. Kommt es zu einem zweiten Kontakt, ist der passende Antikörper bereits vorhanden, er kann den Erreger sofort unschädlich machen (Immunität) und somit eine (erneute) Erkrankung abwehren.

Bei diesem Prozess treffen die Antikörper auf andere Abwehrzellen, die Mastzellen. In den Bläschen der Mastzellen befinden sich Botenstoffe, wie z.B. das Histamin. Die Mastzellen haben auf ihrer Oberfläche so genannte Rezeptoren, mit denen sie Antikörper an sich binden können. Ein Antikörper sieht wie ein „Y" aus, mit dem unteren Teil dockt er an die Mastzelle, die beiden oberen Teile setzen die Antigene fest und bringen auf diese Weise die Botenstoffe aus der Mastzelle zur Ausschüttung.

Aus bislang nicht vollständig geklärter Ursache reagiert das Immunsystem bei Allergikern auf harmlose Stoffe in unserer Umwelt als wären es Krankheitserreger. Es kann nicht mehr zwischen schädlichen sowie unschädlichen Substanzen unterscheiden und gerät sogar außer Kontrolle. Das Immunsystem reagiert überaktiv, es kommt zu einer übermäßigen Ausschüttung von Botenstoffen, speziell Histaminen. Das an sich harmlose Antigen wird somit zum Allergen. Meist entstehen die allergischen Beschwerden erst bei wiederholtem Kontakt mit dem Stoff, d.h. der Körper wird beim ersten Mal genauso sensibilisiert, als ob er es mit einem Krankheitserreger zu tun hat.

Grundsätzlich kann jeder Bestandteil in der Umwelt zum Auslöser einer Allergie werden. Meist sind es keine künstlichen Substanzen, sondern Dinge aus der Natur. Insgesamt sind nach Schätzungen des Deutschen Allergie- und Asthmabundes etwa 20.000 verschiedene Allergene bekannt, zu denen neben den Auslösern für einen allergischen Schnupfen auch Metalle, insbesondere Nickel sowie Chemikalien, z.B. Konservierungsstoffe, Waschmittel oder Substanzen in Medikamenten gehören. Sie alle reizen den Körper auf verschiedenen Wegen mit unterschiedlichen Symptomen.

Am häufigsten reagieren die Haut und Schleimhäute des Körpers, vor allem der Augen, Atemwege und des Verdauungssystems, da sie den ersten Kontakt mit den allergenen Substanzen haben.